提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
“阳了”之后要正确喝水 否则可能喝出低钠血症危及生命******
在这波疫情中,“多喝热水”似乎成为一种“共识”,很多感染新冠病毒的人往往会伴有发热、咳嗽、咽喉干痒肿痛等情况,于是床头常备一大壶水。不少人在“阳康”后更是止不住用喝水来缓解身体虚弱出汗而缺水的情况。殊不知,水也不能随便乱喝。在浙江大学医学院附属第一医院(以下简称“浙大一院”)急诊科,有些人就因为“喝错水”,喝出低钠血症。
65岁、22岁都中招 喝水喝不对也会惹“病”上身
65岁的李大伯没有基础疾病,上个月感染新冠病毒,“阳了”之后全身酸痛,发烧至39℃。李大伯治疗常见小病小痛的“法宝”就是多喝开水,在吃了退烧药后,他一边出汗一边大量喝水,每天要喝两大水瓶的水,循环往复。
成功退烧之后,老伴却发现李大伯不对劲——他头昏沉沉,伴有恶心、呕吐,于是紧急将他送往浙大一院急诊科。经过专家检查,李大伯血液中的钠离子含量为122毫摩尔/升(正常值在137—147毫摩尔/升),李大伯的种种症状正是由于患了严重的低钠血症造成的。经过对症治疗,近日他痊愈出院。
22岁的杭州小伙家明(化名)平时身体不错、很少生病,这次“阳了”之后,一直发烧至38.5℃退不下去。发烧后,由于没有食欲,家明基本上除了吃药就是喝白开水,捂出一身汗后再继续喝水。结果他强撑了三四天,就出现了全身乏力、嗜睡、手抖及精神恍惚等症状。“送医前,他腿部和上臂的肌肉也异常紧绷,真是吓死人了!”女朋友将家明送到浙大一院后,他同样被诊断为“低钠血症”。
高度重视低钠血症 少量多次科学饮水
“这几天,因低钠血症前来就医的急诊患者有不少!我们有必要和大家做个提醒。”浙大一院急诊科主任陆远强主任医师介绍,有些患者因无法饮食、连续呕吐导致钠离子大量丢失、无法正常摄入,血钠浓度在110毫摩尔/升以下,需紧急进行输液补钠;有些则是过量饮水造成的低钠血症。
正常情况下,人体细胞被钠和水平衡的溶液所包围,细胞内和细胞外保持着平衡。但当人喝太多白开水时,肾脏每天只能从血液中排出约800至1000毫升的水,多余的水就会滞留在血管里。细胞外的钠浓度被稀释了,细胞内外形成梯度差,细胞外的水分就会进入到细胞里,这会导致细胞水肿膨胀,就会引起血浆渗透压下降和循环血量增多,医学上称为稀释性低钠血症,俗称“水中毒”。另外,过量饮水还会对青光眼、慢性肾病、心脏病、胃溃疡等患者带来健康威胁。
专家建议,新冠病毒感染的普通型或康复期患者要保证充足饮水量,每天1500—2000毫升。喝水的最佳方式是少量多次,小口慢饮,每次200毫升左右,不建议一次喝500毫升以上,也可根据个人情况,调整为蜂蜜水、淡盐水、椰子水、柠檬水等。(记者 柯静 通讯员 王蕊 江晨)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)